La Radice (根 Ne) è un gruppo speciale di formazione ANBU sotto il controllo di Danzo, il fondatore. Il gruppo all’epoca del Terzo Hokage era molto attivo, ma poiché la mentalità di Danzo era di stampo militarista, in contrasto con quella pacifista di Sarutobi, la Radice venne ufficialmente sciolta. Tuttavia molti dei suoi membri sono rimasti fedeli a Danzo e ai suoi ideali e continuano ad obbedirgli nonostante l’evidente contrasto con la morale del villaggio della Foglia.
Si presuppone abbia diverse basi, tutte collocate a Konoha, infatti come dice Hyo a Sai, prima che parta per la missione, la Radice, con i suoi propositi, sostiene il grande albero chiamato Konoha, dalle profondità invisibili del terreno.

Nella Radice tutto ciò che conta per un ninja è la sua missione. Nient’altro ha importanza, tant’è che i membri della Radice vengono addestrati sin da piccoli a non mostrare alcun tipo di emozione o passione. Questo li porta ad essere una specie di automa che esegue ordini, rispettando le regole ma senza badare alla morale o al sentimento verso gli altri. Come viene ricordato a Sai, nella Radice non esiste passato, non esiste futuro, esiste solo la missione. Inoltre tutti i membri della Radice devono la loro fedeltà a Danzo, considerato addirittura superiore all’Hokage stesso. Essi non possono rivelare nulla sull’organizzazione e devono ciecamente obbedire agli ordini che vengono imposti. Per assicurare che nessuno dei membri possa avere la possibilità di parlare della Radice o del suo leader anche sotto tortura, Danzo ha personalmente posizionato un sigillo sopra la lingua di ognuno dei membri.

Si conoscono pochi membri che appartengono alla Radice, in quanto agiscono in grande segretezza e spesso all'oscuro dell'Hokage stesso. Inoltre i componenti della Radice essendo divenuti ANBU indossano maschere e usano nomi falsi per nascondere le loro identità durante le missioni.

Attenzione contenuto spoiler.

Danzo
Prima apparizione: Capitolo 281 Episodio Shippuden 32 Il fondatore della Radice. In passato fu in competizione con Sarutobi per la carica di Terzo Hokage, contrapponendo la sua mentalità militarista a quella moderata e pacifista del rivale. Fondò un gruppo di formazione ANBU, la Radice, sotto il suo diretto controllo ma in seguito all'elezione di Sarutobi come Hokage, e al consolidarsi del suo potere, l'organizzazione venne ufficialmente sciolta. Molti membri della Radice, divenuti ANBU, rimasero però segretamente fedeli al loro leader e il gruppo continuò ad operare nell'ombra. Danzo trama da anni fin dalla sua sconfitta politica con Sarutobi e ha approfittato del caos che ha travolto il villaggio della Foglia per prenderne il potere, spodestando Tsunade.

Sai
Prima apparizione: Capitolo 281 Episodio Shippuden 32 Giovane ninja addestrato sin dalla nascita a non provare emozioni. Le sue tecniche si basano sull'utilizzo di carta e inchiostro, dando vita alle figure animali che disegna. Viene messo in squadra con Naruto per volere di Danzo che affida a Sai una missione speciale, ovvero quella di fingersi alleato di Orochimaru per avvicinarsi a Sasuke Uchiha e ucciderlo. Inizialmente sembra tradire la fiducia dei compagni e del villaggio e verrà catturato da Yamato proprio per questa mancanza, tuttavia durante la missione, osservando lo sforzo che Naruto compie per salvare l’amico, rivedrà il suo atteggiamento e cercando di capire i sentimenti, si avvicinerà a Naruto diventando a tutti gli effetti un suo compagno e promettendo di aiutarlo nel salvataggio di Sasuke. Tornato al villaggio tenterà infatti di imparare quello che può sulle persone e di socializzare, anche se con poca fortuna. Lo vedremo nuovamente obbedire agli ordini di Danzo una volta diventato Sesto Hokage, che lo incarica di sorvegliare Naruto. Sai obbedisce prontamente, ma in realtà rimarrà sempre dalla parte dell’amico, nascondendo al suo superiore i suoi spostamenti.

Hyo
Prima apparizione: Capitolo 285 Episodio Shippuden 35 Uno dei superiori di Sai e ANBU della Foglia. Lo vediamo andare dal giovane poco prima della sua partenza per la missione con la squadra di Yamato, portandogli una busta con la missione segreta da svolgere e ricordandogli il codice morale della Radice. Inoltre contesta il fatto che Sai continui a portare con se il suo libro di illustrazione che gli ricorda il passato e suo fratello, giudicato da Hyo come qualcosa di sentimentale e inutile.

Fuu Yamanaka
Prima apparizione: Capitolo 455 Insieme al compagno Torune viene incaricato di scortare e proteggere Danzo durante il meeting dei Kage. Entrambi sono definiti da Danzo come i migliori membri della Radice di tutta Konoha. Fuu è un ninja sensitivo, in grado di percepire il chakra di chi gli sta attorno, inoltre come tutti i membri del clan Yamanaka è capace di manipolare la mente e trasferirla da un corpo all'altro. Durante la fuga di Danzo dall'incontro tra i Kage, Fuu rimane indietro per recuperare e distruggere il Byakugan possesso di Ao, senza però riuscirvi a causa dell'intervento della Mizukage. Quando poi il trio si imbatte in Madara Uchiha, Fuu e Torune lo attaccano. Madara però è intangibile ai loro colpi e teletrasporta i due ninja della Radice altrove.

Torune Aburame
Prima apparizione: Capitolo 455 Insieme al compagno Fuu viene incaricato di scortare e proteggere Danzo durante il meeting dei Kage. Entrambi sono definiti da Danzo come i migliori membri della Radice di tutta Konoha. Torune è un membro del clan Aburame, capace di infettare l'avversario grazie a microscopici insetti velenosi, che trasmette tramite il semplice contatto con la sua pelle. Ha ereditato tale tecnica e gli anticorpi necessari dal padre Shikuro, membro famoso del clan. Durante la fuga di Danzo dall'incontro tra i Kage, il trio si imbatte in Madara Uchiha. Torune e Fuu lo attaccano senza però riuscire a colpire il nemico, intangibile. Solo quando Madara teletrasporterà i due altrove, gli insetti di Torune infetteranno il braccio dell'Uchiha costringendolo a staccarselo.